آیت الله سیدمحمدمهدی موسوی خلخالی، فرزند سیدفاضل، در خاندانی علمی، سال ۱۳۰۴ شمسی، مصادف با ۱۳۴۴ هجری قمری، در شهر رشت متولد شد. دوران کودکی و نوجوانی را در رشت گذراند و سال ۱۳۲۰ شمسی، در سن شانزده‌سالگی، برای تحصیل علوم دینی، عازم نجف اشرف شد.